IISのバーチャルホストにもWebアプリケーションのセットアップを使いたい

Visual Studio .NETにはWebアプリケーションのセットアップを作る機能が付いています。IISの動いているサーバ上でセットアップを実行すれば、基本的には「次へ」ボタンを押しているだけでファイルの配置や権限の設定が行われ、Webアプリケーションが動作するようになります*1。

IISでは単一サーバ上で複数のWebサイトを動かすことができます。Apacheではバーチャルホストと呼ばれている機能なのですが、IISではこの機能にはっきりとした名前はついていないようですので、ここではバーチャルホストと呼びます*2。
バーチャルホストには大きく分けてIPベース,ポートベース,名前ベースの3つの種類がありますが、一般的に多く使われているのは名前ベースのバーチャルホストです*3。
IISでは初期状態で「規定の Web サイト」が存在しますので、名前ベースのバーチャルホスト(規定じゃない Web サイト)を追加してみました。

「規定じゃない Web サイト」にはwww.example.comへアクセスするとつながるように設定した*4のですが、この「規定じゃない Web サイト」でWebアプリケーションを使いたくなりました。
セットアップを利用すればWebアプリケーションが簡単に使えるようになるはずなのですが、セットアップを実行して「次へ」ボタンを押していたらWebアプリケーションは「規定の Web サイト」の方で動作するようになってしまいました。
「規定じゃない Web サイト」上でWebアプリケーションを動かすようにするにはどうしたら良いのでしょうか。

セットアップ中に設定できる項目はほとんど無く、あるとすれば仮想ディレクトリくらいですが、「www.example.com/WebSetup1」と入力したら予想通りの結果になってダメでした。
どうしたもんかと画面を見ながら考えていたら、ふと気になったのです。何でここにポートなんて設定項目があるんだ？と。
まさかと思いながら「規定じゃない Web サイト」の待ち受けポート番号を80からとりあえず8000に変更し、セットアップのポートも8000に変更してみました。そうしたら「規定じゃない Web サイト」でWebアプリケーションが動くじゃないですか。ポート番号を80に戻してもちゃんと動いています。
果たしてこれが正しい解決方法なのかは疑問ですが、バーチャルホストにWebアプリケーションをセットアップするには、Microsoftが推奨していないポート番号の変更で何とかなるみたいです。Visual Studio 2005ではちゃんと対応するんでしょうか。

追記
調べていたらこんなものが！
[FIX] Visual Studio 2003 または Visual Studio 2002 Service Pack 1 で、ホスト ヘッダーまたは IP アドレスを使用して Web サイトに Web セットアップ プロジェクトを配置できない

*1:Visual Studio .NETで自作Webアプリケーションにセットアップ機能を付ける @ITの解説記事

*2:単一サーバー上の複数の Web サイトをホストする Microsoftのヘルプ

*3:バーチャルホストによる複数サイトの同時運用 @ITの解説記事

*4:もちろん実際にはつながらない